PASTEUR2030
Pasteur Technology Training 2025 : huit jeunes scientifiques pasteuriens racontent leur saut technologique dans des instituts de recherche d’excellence
Lancé en 2025, le Pasteur Technology Training (P2T) finance des mobilités courtes (environ 1 mois) de jeunes scientifiques pasteuriens (doctorants, post-doctorants) au sein de laboratoires de référence extérieurs à l’Institut Pasteur. En 2025, huit pasteuriens ont eu l’opportunité de bénéficier de ce programme qui vise à :
- Monter en compétences sur une technologie de pointe ;
- Réimporter cette technologie au sein de son équipe et la mettre à disposition du campus ;
- Transformer le laboratoire d’accueil en partenaire scientifique durable.
Découvrez le retour d’expérience des huit lauréats 2025 qui décrivent les compétences qu’ils ont pu développer durant leur séjour, les transferts technologiques qu’ils ont pu mettre, dès leur retour, à disposition de l’Institut Pasteur mais aussi les liens qu’ils ont tissé avec le laboratoire d’accueil et enfin l’impact de ce séjour scientifique sur leur carrière professionnelle.
Antonio El Helou, doctorant dans l’unité Signalisation et dynamique des récepteurs (département Neurosciences), co-encadré par Nicolas Wolff et Anna Sartori-Rupp a effectué son séjour dans le laboratoire de Jürgen Plitzko à l'Institut Max-Planck de biochimie (Allemagne) :
Titre du projet : Vers une meilleure compréhension moléculaire de l'audition.
Compétences développées : Maîtrise du cryo-FIB (cryo focused ion beam) milling sur Titan Krios, Hydra et Aquilos, une compétence rare et très recherchée.
Transfert de compétences : Formation du personnel de la plateforme NanoImaging de l'Institut Pasteur et de ses utilisateurs pour la préparation de lamelles cryogéniques.
Collaboration avec le laboratoire d’accueil : Liens durables avec l'Institut Max-Planck de biochimie et des projets communs en imagerie structurale (tomographies électroniques et aux rayons X).
Impact sur la carrière d’Antonio : Une expertise technologique multiple, combinant fluorescence super-résolution (STED), cryo-ET (cryo electron tomography) et FIB, indispensable pour des projets de biologie structurale in situ.
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Carolina Alta Figueiredo, doctorante dans l’unité Pathogenèse des bactéries anaérobies (département Microbiologie), encadrée par Bruno Dupuy, est partie dans le laboratoire de Meera Unnikrishnan au sein de l'Université de Warwick (Royaume-Uni) :
Titre du projet : Plus efficace, plus rapide, plus résistant : formation de biofilms de Clostridioides difficile dans un modèle cellulaire intestinal complexe
Compétences développées : Autonomie sur les Vertical Diffusion Chambers, culture transwell et immunomarquage en anaérobie.
Transfert de compétences : Introduction d’un modèle plus réaliste d’interaction bactérie-épithélium intestinal sur le campus de l’Institut Pasteur.
Collaboration avec le laboratoire d’accueil : Partenariat consolidé avec l’Université de Warwick et montage de demandes de financement communes.
Impact sur la carrière de Carolina : Un renforcement en modèles d’infection complexes et en résilience de gestion de projet, atouts pour la recherche académique et R&D.
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Daniel Wikar, doctorant dans l’UTechS Spectrométrie de masse en biologie (direction de la technologie), encadré par Marc Lavigne, a réalisé sa formation au sein du laboratoire de Jean-Christophe Andrau à l’Institut de Génétique Moléculaire de Montpellier (IGMM) :
Titre du projet : Caractérisation de la formation des quadruplexes de guanine cellulaires (G4) par le protocole G4Access
Compétences développées : maîtrise du G4Access, une méthode sans sonde de cartographie génomique.
Transfert de compétences : volonté de démocratiser la technique sur le campus pour la cancérologie, la neurobiologie et les maladies infectieuses.
Collaboration avec le laboratoire d’accueil : partenariat avec l’IGMM et recherche de compétences bio-informatiques complémentaires.
Impact sur la carrière de Daniel : une double compétence expérimentale et analytique qui enrichit le projet de thèse de Daniel et son employabilité en génomique fonctionnelle.
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Eloi Vincent, doctorant dans l’unité Architecture et dynamique des macromolécules biologiques (département Biologie structurale et chimie), encadré par Marc Delarue, a exécuté sa formation dans le laboratoire de John Chaput à l’Université de Californie à Irvine (USA) :
Titre du projet : Évolution dirigée de polymérases par tri de gouttelettes activé par fluorescence (FADS) pour la synthèse d'ARN hautement modifié.
Compétences développées : autonomie complète en ingénierie de RNA polymérases et microfluidique (tri de gouttelettes activé par fluorescence).
Transfert de compétences : retour d’expertise directement mobilisé pour un projet ANR sur les aptamères glycosylés (PICNA-Apt) qui implique deux autres équipes du département Biologie structurale et chimie sur le campus dirigées par Marcel Hollenstein et Laurence Mullard, respectivement.
Collaboration avec le laboratoire d’accueil : un partenariat actif avec l’équipe de John Chaput (UC Irvine), un brevet a été déposé conjointement.
Impact sur la carrière d’Eloi : une première immersion dans l’écosystème biotechnologique américain et une méthodologie de gestion de projet qu’Eloi compte transposer à son expérience professionnelle future.
En savoir plus sur les résultats principaux décrits dans la publication sur biorxiv
Jacques Serizay, chargé de recherche (2025) dans l’unité Régulation spatiale des génomes (département Génomes et génétique), supervisé par Romain Koszul, a accompli son séjour scientifique dans le groupe de Stefano Mangiola situé à South Australian ImmunoGENomics Cancer Institute (Adélaïde, Australie) :
Titre du projet : Intégration de données multi-omiques à cellule unique dans des applications d'intelligence artificielle
Compétences développées : développement d’un GNN (Graph Neural Network – réseau neuronal de graphes) hétérogène sous PyTorch Geometric pour intégrer scATAC, scRNA-seq, et données d’interactions chromatiniennes (Hi-C).
Transfert de compétences : création d’un pipeline interprétable de deep learning pour la modélisation cellulaire digitale, en lien avec le HUB Bio-informatique de l’Institut Pasteur.
Collaboration avec le laboratoire d’accueil : collaboration régulière avec Stefano Mangiola et partage du code en open science.
Impact sur la carrière de Jacques : une accélération nette vers un profil de chercheur en IA appliquée à la biologie (ie recrutement sur un poste chargé de recherche en 2025), avec un réseau australien et une vocation à la formation.
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Marie Granger-Rivière, doctorante dans l’unité Chimie biologique épigénétique (département Biologie structurale et chimie), encadrée par Paola Arimondo, est partie dans le laboratoire d’Eva Kowalinski à l’EMBL de Grenoble :
Titre du projet : Caractérisation et potentiel thérapeutique des méthyltransférases d'ARNt
Compétences développées : production, purification, cristallisation et tests biophysiques de protéines, avec initiation à la cryomicroscopie électronique (cryo-EM) et à la visualisation moléculaire.
Transfert de compétences : transfert de techniques, de matériel et de connaissances autour de METTL6 et des méthyltransférases d’ARN vers l’Institut Pasteur nécessaires à la conception de sondes chimiques et leur évaluation sur l’enzyme. Connaissances théoriques acquises permettant des collaborations plus efficaces en biologie structurale au sein de l’institut.
Collaboration avec le laboratoire d’accueil : partenariat naissant avec le groupe d’Eva Kowalinski et préparation d’un projet ANR-DFG.
Impact sur la carrière de Marie : un pont réussi entre chimie et biologie, renforçant son projet de thèse et sa capacité à piloter des collaborations européennes à l’interface.
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Samuel Donaire Carpio, doctorant dans l’unité Adaptation virale et saut d’espèces (département Virologie), encadré par Vincent Caval, a eu l’opportunité de réaliser sa formation dans le laboratoire de Jeffrey Johnson à l'Icahn School of Medicine at Mount Sinai (New York) :
Titre du projet : Usage d'approches protéomiques à haut débit pour caractériser les interactions moléculaires entre les chauves-souris et des virus très peu caractérisés qui les infectent.
Compétences développées : Participation à un pipeline expérimental complet en spectrométrie de masse Orbitrap, de la génération des échantillons biologiques à l’analyse bio-informatique.
Transfert de compétences : Samuel devient ainsi un membre du département Virologie capable de réduire la dépendance aux prestataires externes en protéomique.
Collaboration avec le laboratoire d’accueil : Ce partenariat structuré repose sur une complémentarité où l'Institut Pasteur assure la génération et la préparation des échantillons biologiques, tandis que le laboratoire de Jeffrey Johnson (Icahn School of Medicine at Mount Sinai, NY) réalise l'acquisition par spectrométrie de masse et l'analyse bio-informatique des interactomes. Cette collaboration date de plusieurs années et a déjà donné lieu à des publications conjointes.
Impact sur la carrière de Samuel : Un positionnement rare à l’interface virologie-protéomique-données, et une vocation affirmée pour un postdoc aux États-Unis. La bourse a également permis à Samuel de financer partiellement sa participation au 32nd International Symposium on Hepatitis C Virus, Flaviviruses and Related Viruses (HCV-Flavi 2026) à Copenhague, où il pourra présenter ses résultats sous forme de communication orale.
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Sonia Nicchi, post-doctorante dans l’unité Biologie des bactéries intracellulaires (département Microbiologie), encadrée par Carmen Buchrieser, a effectué sa formation P2T dans le laboratoire de Michael Zimmermann à l’EMBL Heidelberg (Allemagne) :
Titre du projet : Étude de la dynamique des speckles et paraspeckles au cours de l'infection par Legionella pneumophila
Compétences développées : maîtrise du workflow STED (Stimulated Emission Depletion, ou déplétion par émission stimulée), de la préparation à l’acquisition sur Leica Stellaris 8 Falcon.
Transfert de compétences : élaboration du premier atlas de speckles/paraspeckles dans des macrophages infectés par Legionella, avec diffusion prévue à la plateforme NanoImaging de l’Institut Pasteur.
Collaboration avec le laboratoire d’accueil : échange actif avec le groupe de Michael Zimmermann pour un pipeline d’analyse dédié.
Impact sur la carrière de Sonia : un profil renforcé en imagerie avancée d’interactions hôte pathogène, ouvrant des perspectives sur le marché international.
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